Бывший сценарист Valve Марк Лейдлоу опубликовал на своем сайте заметку Epistle 3, в которой рассказал о сюжете Episode 3. Главные герои Гордон и Аликс направляются в Антарктику за Бореалисом, исследовательским кораблем, о котором мы узнали в Episode Two. Они попадают на корабль, который постоянно прыгает из пространства и времени и обратно, а пришельцы настроили своё оборудование на изучение корабля, когда он попадает в наше измерение. В этот момент происходит столкновение с подручными доктора Брина. Сознание Брина было загружено в тело гигантской личинки Комбайна, но он помнит, на что способен Фриман и боится его.